Nghị định 85/2009/NĐ-CP có một số điểm mới trong thanh quyết toán hợp đồng trọn gói như sau:
1. Nguyên tắc thanh toán đối với hình thức hợp đồng trọn gói được quy định tại Điều 49 của Luật Đấu thầu, cụ thể như sau:
a) Giá hợp đồng không được điều chỉnh trong quá trình thực hiện hợp đồng, trừ trường hợp bất khả kháng theo thỏa thuận trong hợp đồng (là những tình huống thực tiễn xảy ra nằm ngoài tầm kiểm soát và khả năng lường trước của chủ đầu tư, nhà thầu, không liên quan đến sai phạm hoặc sơ xuất của chủ đầu tư, nhà thầu, như: chiến tranh, bạo loạn, đình công, hỏa hoạn, thiên tai, lũ lụt, dịch bệnh, cách ly do kiểm dịch, cấm vận). Việc thanh toán được thực hiện nhiều lần hoặc thanh toán một lần khi hoàn thành hợp đồng. Tổng số tiền mà chủ đầu tư thanh toán cho nhà thầu cho đến khi nhà thầu hoàn thành các nghĩa vụ theo hợp đồng bằng đúng giá ghi trong hợp đồng. Trường hợp bất khả kháng thì thanh toán theo thỏa thuận trong hợp đồng (nếu có).
Đối với hợp đồng theo hình thức trọn gói thuộc gói thầu gồm hai hoặc nhiều phần công việc như lập báo cáo nghiên cứu tiền khả thi, báo cáo nghiên cứu khả thi, thiết kế kỹ thuật thì trong hợp đồng cần quy định phương thức thanh toán cho từng phần, trong đó quy định cụ thể: trong trường hợp báo cáo nghiên cứu tiền khả thi không được phê duyệt thì nhà thầu chỉ được thanh toán cho phần công việc lập báo cáo nghiên cứu tiền khả thi; trong trường hợp báo cáo nghiên cứu khả thi không được phê duyệt thì nhà thầu chỉ được thanh toán cho công việc lập báo cáo nghiên cứu tiền khả thi và báo cáo nghiên cứu khả thi;
b) Đối với nhà thầu được lựa chọn thông qua các hình thức lựa chọn nhà thầu trừhình thức chỉ định thầu, việc thanh toán phải căn cứ vào giá hợp đồng và các điều khoản thanh toán nêu trong hợp đồng, không căn cứ theo dự toán cũng như các quy định, hướng dẫn hiện hành của Nhà nước về định mức, đơn giá; không căn cứ vào đơn giá trong hóa đơn tài chính đối với các yếu tố đầu vào của nhà thầu như vật tư, máy móc, thiết bị và các yếu tố đầu vào khác.
2. Đối với công việc xây lắp, trong quá trình thương thảo, hoàn thiện hợp đồng, các bên liên quan cần rà soát lại bảng khối lượng công việc theo thiết kế được duyệt, nếu nhà thầu (bao gồm cả nhà thầu được chỉ định thầu) hoặc bên mời thầu phát hiện bảng khối lượng công việc bóc tách từ thiết kế chưa chính xác, bên mời thầu báo cáo chủ đầu tư xem xét, quyết định việc bổ sung khối lượng công việc để bảo đảm phù hợp với thiết kế. Đối với công việc xây lắp này, sau khi hợp đồng theo hình thức trọn gói được ký kết, khối lượng công việc thực tế nhà thầu đã thực hiện để hoàn thành theo thiết kế (nhiều hơn hay ít hơn khối lượng công việc nêu trong hợp đồng) không ảnh hưởng tới số tiền thanh toán cho nhà thầu. Việc thanh toán cho nhà thầu được tiến hành theo quy định tại khoản 1 Điều này.
Chủ đầu tư chịu trách nhiệm về tính chính xác của số lượng, khối lượng công việc. Trường hợp có thất thoát xảy ra (do tính toán sai số lượng, khối lượng công việc) thì cá nhân, tổ chức thuộc chủ đầu tư làm sai có trách nhiệm đền bù và xử lý theo quy định của pháp luật. Trường hợp trong hợp đồng giữa chủ đầu tư và nhà thầu tư vấn lập hồ sơ mời thầu, hồ sơ yêu cầu, lập dự toán có quy định về việc xử lý đối với việc tính toán sai số lượng, khối lượng công việc thì chủ đầu tư được đền bù theo thỏa thuận trong hợp đồng với nhà thầu tư vấn này.